Nabi Yunus pernah berdoa memohon keampunan dari Allah SWT. Firman Allah SWT:
لَّآ إِلَٰهَ إِلَّآ أَنتَ سُبۡحَٰنَكَ إِنِّي كُنتُ مِنَ ٱلظَّٰلِمِينَ
Sesungguhnya tiada Tuhan (yang dapat menolong) melainkan Engkau (ya Allah)! Maha Suci Engkau! Sesungguhnya aku adalah daripada kalangan orang yang menganiaya diri sendiri.
Surah Al-Anbiyaa: 87